在蛋白質(zhì)分子中，從N-端至C-端的氨基酸排列順序稱為蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)，肽鍵是其基本結(jié)構(gòu)鍵，有些尚含有由2個半胱氨酸巰基(一SH)脫氫氧化而生成的二硫鍵。

蛋白質(zhì)分子的一級結(jié)構(gòu)是其特有空間結(jié)構(gòu)和生物學活性的基礎。盡管各種蛋白質(zhì)都有相同的多肽鏈骨架，但是不同種類的蛋白質(zhì)具有不同的一級結(jié)構(gòu)。每一種蛋白質(zhì)都有其特有的氨基酸種類、數(shù)目及在多肽鏈中的排列順序。氨基酸排列順序的差別意味著從多肽鏈骨架伸出的側(cè)鏈R基團的性質(zhì)和順序?qū)τ诿恳环N蛋白質(zhì)是特異的。由于R基團大小不同，攜帶電荷不同，對水的親和力也不相同，會直接影響肽鍵的折疊，因此蛋白質(zhì)分子中氨基酸的排列順序決定其空間構(gòu)象。