按生源途徑并結合化學結構類型，生物堿主要可分為以下類型。

（一）鳥氨酸系生物堿

1.吡咯烷類生物堿：如益母草中的水蘇堿、山莨菪中的紅古豆堿等。

2.茛菪烷類生物堿：主要存在于茄科的顛茄屬、曼陀羅屬、莨菪屬和天仙子屬中，如莨菪堿。

3.吡咯里西啶類生物堿：吡咯里西啶為兩個吡咯烷共用一個氮原子稠合而成，主要分布于菊科千里光屬中，如大葉千里光堿。

（二）賴氨酸系生物堿

1.蒎啶類：如胡椒中的胡椒堿、檳榔中的檳榔堿、檳榔次堿等。

2.喹諾里西啶類：兩個蒎啶共用一個氮原子稠合而成的衍生物。主要分布于豆科、石松科和千屈菜科。如野決明中的金雀兒堿和苦參中的苦參堿等。

3.吲哚里西碇類：為蒎啶和吡咯共用一個氮原子稠合的衍生物。主要分布于大戟科一葉萩屬植物中。本類化合物數目較少，但有較強的生物活性，如存在于一葉萩中的一葉萩堿對中樞神經系統(tǒng)有興奮作用。

（三）苯丙氨酸和酪氨酸系生物堿

1.苯丙胺類生物堿：麻黃中的麻黃堿、偽麻黃堿。

2.異喹啉類生物堿：

（1）小檗堿類和原小檗堿類：前者多為季銨堿，如黃連、黃柏、三棵針中的小檗堿；后者多為叔胺堿，如延胡索中的延胡索乙素。

（2）芐基異喹啉類：如罌粟中的罌粟堿、厚樸中的厚樸堿等。

（3）雙芐基異喹啉類：如存在于防己科北豆根中的蝙蝠葛堿。

（4）嗎啡烷類：如罌粟中的嗎啡、可待因，青風藤中的青風藤堿等。

（四）色氨酸系生物堿（吲哚類生物堿）

是類型較多、結構較復雜、化合物數目最多的一類生物堿。主要分布于馬錢科、夾竹桃科、茜草科等幾十個科中。如存在于吳茱萸中的吳茱萸堿，麥角菌中的麥角新堿等。

（五）萜類生物堿

1.單萜類生物堿：主要為環(huán)烯醚萜衍生的生物堿，多分布于龍膽科。如龍膽堿。

2.倍半萜類生物堿：主要分布于蘭科石斛屬植物中，如石斛中的石斛堿。

3.二萜類生物堿：主要存在于毛茛科烏頭屬、翠雀屬和飛燕草屬植物中，基本母核為四環(huán)二萜或五環(huán)二萜。如烏頭堿、烏頭次堿。另外，紅豆杉屬植物中紫杉醇等紫杉烷類生物堿，也為二萜生物堿。具有抗癌作用。

（六）甾體類生物堿

都具有甾體母核，但氮原子均不在甾體母核內。如存在于黃楊科黃楊屬植物中的環(huán)常綠黃楊堿D，藜蘆中的藜蘆胺堿。