目的：是改變原有的性能，產生新的療效，擴大用藥范圍，如六神曲、淡豆豉；亦可增強療效，如半夏曲。

操作方法：根據不同品種，采用不同的方法進行加工處理后，再置于溫度、濕度適宜的環(huán)境下進行發(fā)酵。常用的方法有藥料與面粉混合發(fā)酵，如六神曲、建曲、半夏曲、沉香曲等。另一類是直接用藥料進行發(fā)酵，如淡豆豉、百藥煎等。一般發(fā)酵最佳溫度以30～37℃為宜，相對溫度控制在70%～80%為宜。混和發(fā)酵時，經驗認為，以“握之成團，指間可見水跡，放下輕擊則碎”為宜。

品質要求：氣味芳香，無霉味、酸敗味；曲塊表面霉衣黃白色，內部有斑點為佳。黑色質差。醫(yī)學教育網搜|索整理

六神曲神曲由面粉100kg，杏仁、赤小豆各4kg，鮮青蒿、鮮辣蓼、鮮蒼耳草各7kg.藥料經粉碎，和青蒿、辣蓼、蒼耳草煎汁混合，拌勻，成形，堆曲，發(fā)酵，切塊，干燥而成。有神曲、炒神曲和焦神曲三個規(guī)格。生六神曲健脾開胃，并有發(fā)散作用；麩炒后以醒脾和胃為主，用于食積不化，脘腹脹滿，不思飲食，腸鳴泄瀉等；炒焦后消食化積力強，以治食積泄瀉為主。