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鞭毛自細(xì)胞膜長(zhǎng)出，游離于細(xì)胞外。用電子顯微鏡研究鞭毛的超微結(jié)構(gòu)，發(fā)現(xiàn)鞭毛的結(jié)構(gòu)分為：基礎(chǔ)小體、鉤狀體和絲狀體三個(gè)部分組成。

1.基礎(chǔ)小體（Basalbody）位于鞭毛根部，埋在細(xì)胞壁中。革蘭氏陰性菌鞭毛的基礎(chǔ)小體由一根圓柱和兩對(duì)同心環(huán)所組成，一對(duì)是M環(huán)與S環(huán)，附著在細(xì)胞膜上；另一對(duì)是P環(huán)與L環(huán)，連在胞壁的肽聚糖和外膜上（M、S、P、L分別代表細(xì)胞膜、膜上、肽聚糖、外膜中的脂多糖）。革蘭氏陽(yáng)性菌的細(xì)胞壁無(wú)外膜，其鞭毛只有M與S環(huán)而無(wú)P環(huán)和L環(huán)。鞭毛運(yùn)動(dòng)需要能量，細(xì)胞膜中的呼吸鏈可供其所需。

2.鉤狀體（Hook）位于鞭毛伸出菌體之處，呈鉤狀彎曲，鞭毛此轉(zhuǎn)變向外伸出，成為絲狀體。

3.絲狀體（Filament）呈纖絲狀，伸出于菌體之外，是由鞭毛蛋白亞單位呈緊螺旋狀纏繞而成的中空的管狀結(jié)構(gòu)。鞭毛蛋白是一種纖維蛋白，其氨基酸組成與骨骼肌動(dòng)蛋白相似，可能與鞭毛的運(yùn)動(dòng)性有關(guān)。

鞭毛是細(xì)菌的運(yùn)動(dòng)器官，往往有化學(xué)趨向性，常朝向有高濃度營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的方向移動(dòng)，而避開(kāi)對(duì)其在害的環(huán)境。常存在于桿菌及弧菌中。鞭毛的數(shù)量、分布可用以鑒別細(xì)菌。鞭毛抗原有很強(qiáng)的抗原性，通常稱(chēng)為H抗原，對(duì)某些細(xì)菌的鑒定、分型及分類(lèi)具有重要意義。

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