細(xì)菌的形態(tài)，染色以及細(xì)菌的特殊結(jié)構(gòu)是最早和最基本的分類依據(jù)；而細(xì)菌的生理生化特征一直作為分類的主要依據(jù)。

目前，以生理生化學(xué)作細(xì)菌分類的廣泛采用方法有兩種，即傳統(tǒng)分類法和數(shù)值分類法。

1.傳統(tǒng)分類法：傳統(tǒng)分類的原則是將生物的基本性質(zhì)分為主要的和次要的（主次原則），然后將主次順序一級(jí)一級(jí)地往下分，直至最小區(qū)分。按細(xì)胞形態(tài)、革蘭染色性、鞭毛及代謝特點(diǎn)作為較高一級(jí)分類依據(jù)。科、屬、種水平的分類主要依靠生化特性和抗原結(jié)構(gòu)。

2.數(shù)值分類法：數(shù)值分類法集數(shù)字、電子、信息及自動(dòng)化分析技術(shù)于一體，醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集將細(xì)菌的一些基本性質(zhì)視為同等重要（等重要原則），采用標(biāo)準(zhǔn)化、成品化和配套生化反應(yīng)試劑條，檢測(cè)細(xì)菌的數(shù)十個(gè)生理生化特性。每個(gè)細(xì)菌都能產(chǎn)生一套陰陽性結(jié)果，然后轉(zhuǎn)換成數(shù)字，通過電子計(jì)算機(jī)進(jìn)行復(fù)雜計(jì)算，比較每一株與其他類同株，測(cè)定其相似度。根據(jù)相似度，區(qū)分細(xì)菌的種群，并確定各種細(xì)菌的親緣關(guān)系。